伊能嘉矩は南部藩の支藩である遠野南部家の下級武士の子として、慶応3年(1867)に出生。2歳にして早くも母の懐のなかで「赤壁之賦」を暗唱。父から漢学を、祖父等から中国の歴史や学問を学びました。

明治18年上京し二松学舎に入学、19年岩手師範学校に給費生として入学しましたが22年退学。その後再び上京し、新聞雑誌の編集に従事しました。

明治26年東京人類学会に入会し、坪井正五郎に就き人類学を修め、「土俗学」の独立を提唱しました。この学問は、のちに「民俗学」として柳田国男に引き継がれ、集大成されていったのです。

明治28年、陸軍省雇員として台湾に渡り、台湾土語講習所でアタイヤル系土語などを学び、田代安定とともに台湾人類学会を設立して研究活動を始めました。

こうした科学としての人類学的方法によって、嘉矩は台湾先住民の実証的調査研究を現地への度重なるフィールドワークを通じて明らかにしていきました。

明治31年、後藤新平が台湾総督府民政長官に就任、34年に新平が会長を務める「臨時台湾旧慣調査会」が発足するや、嘉矩はその幹事として活躍し、本格的な踏査、研究を進めて多くの成果を上げ、それが台湾の人と産業を拓く施策に大いに生かされました。

明治39年帰国後も台湾と郷土の歴史等を研究し、佐々木喜善を導き、大正14年(1925)59歳で生涯を閉じました。